На вершине Аксиса, огромного вертикального мира, где-то за облаками находится деревня Каены. Никто из жителей не покидал ее пределов. Но девушка считает, что рядом есть еще миры и что сама она другая! Бунтарский дух влечет Каену в неизведанное. Наперекор табу Великого Жреца она пускается в отчаянный поход. И попадает в странный мир с невиданными существами!.. Ей суждено проникнуть в тайну, которой много сотен лет!
Далёкое будущее. Вампиры - хозяева ночи и властелины мира, но их становится всё меньше. Между миром Бессмертных и людей - война. Между вампирами и смертными - охотник на вампиров D, полувампир, получеловек. Его ненавидят и те, и другие - а он просто делает свою работу, которая состоит в разрешении спорных ситуаций между этими разными мирами. Он не встаёт ни на одну из сторон в этой многотысячелетней войне - он вечно балансирует на грани ускользающего равновесия. Весь мир - против него. Зато на его стороне - вечная жизнь, выдающиеся навыки во владении мечом, магия демона в левой ладони и харизма воина-одиночки.
У нового учителя, Hara Miyuki, есть проблема с провинившимися студентами, саботирующими ее класс. Она консультируется с другим учителем, Ito Keiko, о вопросе. Keiko предлагает говорить об этом по напитку вместе, все же это, оказывается, только начало кошмара Miyuki's.
Молодой парень Мусаши едет навестить свою бабушку, домик который затерялся высоко в горах. Казалось бы, визит как визит, но… последний раз Мусаши гостил у своей бабушки пятнадцать лет назад. Что же заставило его забыть на время городскую жизнь и отправиться в скромное бабулино жилище, до которого час подъема по горной тропинке?
Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к эспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.
Прошло два года после событий, описанных в GiTS Stand Alone Complex 2nd GiG, и Мотоко Кусанаги уже покинула 9-ый отдел, который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Кукловоду. Во время расследования пути Бато и Мотоко пересекаются. Она предупреждает его не приближаться к Сообществу Крепкого Государства. Как выяснилось потом это общество было создано для использования ментальных ресурсов стариков подключённых к здравоохранительной системе наблюдения, которая поддерживала их жизнь пока они не умрут естественной смертью. Также подключённые к системе могли заботиться о сиротах или детях из неблагополучных семей, обретая смысл для жизни и завещая этим детям своё имущество после смерти. Однако, детей стали похищать чтобы сделать частью системы. Официальные лица ничего не подозревали об этом. За всем этим и стоял Кукловод, создавший инфраструктуру похищения детей и промывки мозгов им и их родителям.
В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.
